Nos primórdios do povoamento da Madeira, João Gonçalves Zarco concedeu terras de sesmaria no litoral sudoeste da Ilha ao cavaleiro Henrique Alemão, que nelas estabeleceu uma propriedade povoada e uma pequena ermida dedicada a Santa Maria Madalena, dando posteriomente o nome à localidade. A doação foi confirmada em 1457, pelo Infante D. Henrique. A tradição popular identifica este cavaleiro com Ladislau III, rei da Polónia e da Hungria, desaparecido em 1444 na batalha de Varna.
Em 1520 surgem referências a uma capela mandada edificar por João Rodrigues de Freitas e pela sua mulher, Isabel Lopes. Poderá ter-se tratado de uma nova construção, da reconstrução da primitiva ermida ou da sua ampliação.
Segundo o “Elucidário Madeirense”, o capelão da Madalena recebeu, em 1538, autorização para administrar os sacramentos. No ano seguinte foi concedida licença para colocar uma pia batismal na capela. A 1 de fevereiro de 1582, D. Jerónimo Barreto, bispo do Funchal, instituiu a paróquia de Santa Maria Madalena, tendo como primeiro pároco o padre João Leandro Afonso.
Na obra “Saudades da Terra”, Gaspar Frutuoso descreve a Madalena do Mar como uma localidade marcada pela ermida de Santa Maria Madalena, por um engenho, pelas boas terras para o cultivo da cana-de-açúcar e pela abundância de água fresca. A fertilidade dos solos favoreceu o desenvolvimento da produção açucareira e, mais tarde, transformou a cultura da banana numa das principais imagens de identidade da freguesia.
A localização da igreja, entre a serra, a ribeira e o mar, tornou-a particularmente vulnerável às intempéries. Em 1702, várias imagens foram arrastadas pelas águas, sendo posteriormente recuperadas na praia. Entre elas estaria a imagem da «gloriosa» padroeira. Em 1718, uma grande cheia afetou profundamente a antiga igreja. O edifício atual, de características maneiristas e barrocas, resulta essencialmente da reconstrução iniciada por volta de 1720 e de sucessivas intervenções realizadas ao longo dos séculos.
No património artístico proveniente desta igreja destaca-se a imponente pintura flamenga de Santa Maria Madalena, atribuída ao pintor Jan Provoost, e atualmente exposta no Museu de Arte Sacra do Funchal.
